在上海申请留学生落户时，无论申请人原户籍性质是农业户口还是非农业户口，目前政策均统一按户籍登记信息处理，农业户口不会影响留学生落户上海的资格。

根据上海市人力资源和社会保障局及上海市公安局的相关规定，留学回国人员申请落户上海，主要关注以下条件：

1. 学历与留学经历：在国外高水平大学获得博士学位；或在世界排名前500名高校获得硕士学位且境外学习时间满半年；或境外高水平大学本科毕业且累计境外学习时间满一年（具体以最新政策为准）。

2. 回国时间与工作要求：一般要求毕业后2年内首次回国，并在上海用人单位依法纳税、缴纳社保，且单位具备落户资质（如注册资金、纳税情况等符合要求）。

3. 劳动合同与社保缴纳：需与上海用人单位签订劳动合同，且实际工作并按规定缴纳社会保险和个人所得税。

4. 无犯罪记录：提供国外及国内无犯罪记录证明。

在实际办理过程中，申请人原为农业户口并不构成障碍。上海落户政策关注的是申请人是否符合人才引进条件，而非户籍性质。随着全国户籍制度改革推进，农业与非农业户口的界限已逐步淡化，统一登记为“居民户口”。因此，即使申请人户口本上仍显示“农业”，在落户申请中也不会影响审核结果。

办理流程一般为：单位注册并提交申请→系统预审→递交书面材料→审批通过→办理落户手续。

建议申请人通过“上海一网通办”平台或“留学人才服务系统”查询最新政策，准备齐全材料，并由用人单位协助申报。

总之，农业户口不影响上海留学生落户，关键在于是否满足学历、工作、社保等核心条件。及时关注官方政策更新，确保材料真实完整，即可顺利申请。